综合两次东巡，秦始皇的核心目的，既是为了彰显秦朝威权、清除东方六国残余势力、安抚民心以巩固统治，也是因晚年对死亡的恐惧，迫切想要寻访仙山求取长生不老之药；同时，海上巡游也推动了秦朝航海技术进步，发明了世界最早的船闸，间接提升了军事战斗能力。此外，始皇东巡的政治意义极为突出。

在国家疆域观念上，他在成山头立“秦东门”刻石，首次以官方礼制的形式，将这片陆海交接的最东端定义为帝国的东方边界。这一举动突破了此前中原王朝“华夷分界”的模糊认知，用实体地标把“疆域”从模糊的文化概念固化为清晰的政治地理边界，强化了大一统王朝对东方海疆的主权意识；

在海洋探索祭祀上，尽管直接目的是寻仙求药，但他组织徐福等方士进行大规模、有资助的航海活动，是中国历史上首次由中央政权推动的系统性海洋探索。这标志着帝国力量正式从陆地延伸至海岸，并试图向海洋未知领域进行探寻，为后世认识海洋埋下了伏笔。